从左上角起顺时针：担子菌门的毒蝇伞；子囊菌门的肉杯菌；发霉的面包；一种壶菌；麹菌的分生孢子
域：真核域 Eukaryota
演化支：单鞭毛生物 Amorphea
演化支：OBA 超类群 Obazoa
演化支：后鞭毛生物 Opisthokonta
总界：菌物总界 Holomycota
演化支：动孢菌 Zoosporia
界：真菌界 Fungi(L., 1753) R.T.Moore, 1980
真菌界（学名：Fungi）生物通称真菌，是真核生物中的一大类群，包含酵母、霉菌等微生物，以及为人熟知的菇类。真菌与动物同为异养生物，需依赖其他生物所所产的有机物为碳来源，通常会以渗透营养（英语：osmotrophy）的方式取得养分，即分泌大量的酶将环境中有机物大分子分解成小分子，再把小分子通过扩散作用吸入到细胞中。真菌的一大特点为以甲壳素为主要成分的细胞壁，和无细胞壁的动物及细胞壁主成分为纤维素的植物截然不同。
真菌自成一界，独立于植物、动物和其他真核生物；真菌也不能进行光合作用，其成长型态与植物一样不能移动，但可以通过菌丝的延长拓展栖地，也能通过经由有性或无性生殖产生的孢子进行长距离的传播（某些孢子还具有鞭毛，可在水中移动）。真菌是生态系统中的主要分解者，且在生态系统的物质循环扮演重要角色。分子系统发生学显示真菌在演化上是一个单系群，由一个共同祖先演化而来。黏菌与卵菌（水霉菌）在历史上曾因形态相似而归属真菌界，但分子支序显示它们与真菌的亲缘关系甚远，其和真菌的相似性是趋同演化的结果。研究真菌的学科称为真菌学，过去学者们曾因为真菌和植物形态类似，而通常将其视为植物学的一个分支。但分子证据显示，真菌和动物之间的关系要比和植物之间更加亲近，真菌与动物同属后鞭毛生物，两者在演化上的关系也是分类学的研究热点之一。
真菌广布于全世界，但多数真菌体型很小，或存在土壤与水域中，常被人所忽略，某些物种会产生称为孢子果（Sporocarp）的大型子实体，也就是蕈类。真菌可与动物、植物或其他真菌产生互利共生或寄生等交互作用，例如与植物形成菌根，以及与藻类或蓝绿菌形成地衣。部分真菌中的生物碱与聚酮等许多物质具有生物活性（英语：Biological activity）的物质，称为真菌毒素（英语：Mycotoxin），对包括人类在内的动物有毒。一些物种的孢子含有精神药物的成分，被用在娱乐及宗教仪式上。真菌可以分解人造的物质及建物，并在人类及其他动物造成疾病，真菌感染或食物腐败引起的作物损失对人类的食物供给和区域经济产生很大的影响，而真菌病则包括足癣等浅表层的感染，与隐球菌病等全身感染的疾病，严重时甚至可能致死。有些蕈类被人作为食物，有些真菌则是食品工业的要角，可以作为面包的膨松剂，或发酵制造酱油、豆腐乳与酒等食品。1940年代起，真菌亦被用来制造抗生素，现在许多工业所需的酵素也是由真菌所合成。有些真菌可以被当作生物农药，用来抑制杂草、植物疾病及害虫。
真菌各门的物种之间不论是在生态、生活史及形态（从单细胞水生的壶菌到巨大的菇类）都有很巨大的差别。人类对真菌各门真正的生物多样性了解得很少，预估约有220万-380万个物种，但目前已发表的仅有12万种。自从18、19世纪，卡尔·林奈、克里斯蒂安·亨德里克·珀森及伊利阿斯·马格努斯·弗里斯等人在分类学上有了开创性的研究成果之后，真菌便已依其形态（如孢子颜色或微观构造等特征）或依生理学给予分类。二十世纪分子遗传学与生物技术的飞速发展下，DNA测序开始被广泛用于真菌分类，使传统分类系统受到一定程度的挑战。最近十几年来在系统发生学上的研究已多次改变人们对真菌分类的观点，也有原本不被认为是真菌的生物（微孢子虫、隐真菌门、核形虫）被归入真菌界或与其关系密切的类群中。各类群真菌的关系仍未有定论，且是现在真菌研究的重点之一。