自然系统（拉丁语：Systema Naturæ ，或译自然大系）是瑞典植物学及动物学学家、医生卡尔·林奈（Carl von Linné，1707-1778）的主要作品之一，这本书在植物及动物学两界引入了基于博安家的加斯帕尔和约翰而来的林奈分类法，即后来的二名法。第1版的《自然系统在1735年出版，这本书林奈一共出了12版，其中以第10版最为重要。此书全称为“Systema naturæ per regna tria naturæ, secundum classes, ordines, genera, species, cum characteribus, differentiis, synonymis, locis”，意为“基于纲目属种的、包含特征、差异、异名、地点的、含盖自然界三界的自然系统”。

第10版的《自然系统被认为是国际动物命名法规出现的开端。1766年至1768年间林奈出版了经过大幅改善的《自然系统第12版，这是他亲自著作的最后一版《自然系统。林奈逝世后，约翰·弗里德里希·格梅林在1788年至1793年出版了再次改善的一版，并也命名为《自然系统。国际动物命名法委员会在1954年10月26日发布的296号决议中认定这是第13版的《自然系统。