自然主义通常是指综合唯物主义和实用主义、不探究自然界中超自然因素的哲学立场，其理论基础认为所有现象皆可用自然理由的概念解释。自然主义不一定认为超自然现象和对于不存在之事物的假设就是荒谬，但是所有的现象和假设必须可以用相同的方法来研究，因此任何超自然事物要么是不存在，要么是不可知，再不然就是与自然现象或关于自然的假设没有本质上的区别。

任何限制于自然、物理、唯物方法和解释范围内的探索和调查手段，或者积累知识的过程，都可归入自然主义。

许多科学哲学家 用“方法自然主义”（又译“方法论自然主义”，“自然方法论”）和“科学自然主义”来指科学方法中被长久广为遵循的常规，即使用方法论假设可观察的自然现象只能由自然原因来解释，而不假设超自然能力是否存在，因此也不接受超自然的解释。与“存在论自然主义”或“形而上学自然主义”相对，这些思想认为：自然界（包括整个宇宙）就是存在的全部，因此超自然事物是不存在的。

这以哲学方法差异是由支持科学和演化论的哲学家提出，他们在“创造论对演化论的争议”中反对创造论或智能设计论，把“方法论自然主义”称为“科学唯物主义”或者“方法论唯物主义”，与“形而上学自然主义”结合，进一步支持他们提出的“现代科学是无神论”的理念。与其相对的自然哲学手段则接受对自然现象的超自然解释，从而被称为“有神论科学”。