个人简历

个人职务：
担任生物医学工程系常务副主任，兼管教学、培养。

教育经历：
1992年本科毕业于华中科技大学工程力学专业。1997年硕士毕业于北大流体力学专业。2000年博士毕业于北大流体力学专业。2001－02年北大湍流与复杂系统国家重点实验室博士后，开始转入生物信息学的交叉学科研究。2003年1月留校任教，2006年加入北大工学院生物医学工程系。2007－08年赫尔辛基大学芬兰基因组中心访问学者。目前同时兼任湍流与复杂系统国家重点实验室、北京大学定量生物学中心、北京大学蛋白质科学中心的成员。

主要成就：
先后主持和合作承担国家自然科学基金、国家科技部973计划等国家级项目共计14项。开设研究生专业必修课《生物医学应用数学》、《理论与系统生物学实验》，生物医学工程专业本科生必修课《生物医学工程设计》、专业选修课《计算生物学导论》以及研究生专业选修课《生物医学中的系统生物学》等课程。
所领导的研究小组现指导在读博士生10人、硕士生2人，已指导毕业博士生8人、硕士生6人，并作为博士生导师获得了2010年北京市优秀博士论文、2011年北京大学优秀博士论文二等奖、2011年全国优秀博士论文提名奖。先后获得中国生物医学工程联合学术年会青年优秀论文奖（指导教师、通讯作者），以及北大宝洁奖教金、北大方正优秀奖教金、埃克森-美孚北大奖教金等。
近年来承担的主要课题
1. 主持国家重点研发计划重点专项《重要疫源微生物组学研究》课题“微生物多组学生物信息新算法研究与平台构建（No. 2017YFC1200205）”（2017~2020）
2. 主持国家自然科学基金项目“微生物群落环境适应性的宏基因组学研究（No. 31671366）”（2017~2020）
3. 主持国家自然科学基金重大研究计划培育项目“极端微生物宏基因组微进化的计算生物学研究（No. 91231119）”（2013～2015）
4. 主持北京大学工学院——医学部交叉学科联合研究种子基金项目“ICU医护环境数字化研究”（2012～2013）
5. 参与国家科技部十二五国家科技支撑计划项目“肠道微生物与脑肠轴功能交互作用平台研究”（2012～2016）
6. 主持国家自然科学基金重点项目“神经影像的时间信息提取及其在中枢药物疗效检测中的应用（No. 61131003）”（2012～2016）
7. 参与北京大学临床医院合作专项“肠道微生物与消化代谢相关疾病研究平台”（2012～2015）
8. 主持北京市优秀博士学位论文指导教师科技项目“宏基因组的生物信息学方法和技术（No. YB20101000102）”（2011～2013）
9. 国家自然科学基金创新群体“生物网络研究（No. 11021463）”成员（2011~2013）
10. 负责国家重点基础研究发展计划（973计划）子课题“视觉假体的信息处理及编码理论研究（No. 2011CB707503）”（2011～2016）
11. 主持国家自然科学基金项目“人肠道微生物组的基因预测与序列拼接方法研究（No. 30970667）”（2010~2012）
12. 主持北大医工联合研究种子基金项目“肠易激综合征相关肠道菌群的系统生物学研究”（2010～2011）
13. 参与国家科技部科技重大专项“高成药性先导化合物设计与优化技术研究（2009ZX09501－002）”（2009～2010）
14. 主持国家自然科学基金项目“基于翻译起始机制的原核基因组比较的生物信息学研究（No. 30770499）”（2008~2010）
15. 国家自然科学基金创新群体“生物网络研究（No. 10721403）”成员（2008~2010）
16. 主持GaTech/Emory University --Peking University BME联合种子基金项目“New gene finding methods for shotgun DNA sequences of microbial communities coexisting with a human host” （2008～2009）
17. 主持北京大学工学院青年人才基金“基因预测新方法以及比较基因组学研究”（2006~2009）
18. 主持国家自然科学基金项目“真核基因预测新算法的研究（No. 30300071）”（2004~2006）
19. 负责国家重点基础研究发展计划（973计划）子项目“基于表达调控网络的基因功能预测（No. 2003CB715905）”（2003~2008）
20. 合作承担国家自然科学基金数理学部SARS特别基金项目“SARS及其它冠状病毒演化的数学物理模型分析（No. 10342002）”（2003~2004）
21. 合作承担国家自然科学基金重大研究计划面上项目“真核生物基因转录调控的信息结构及作用原理（No. 90208021）”（2003~2006）

研究领域

生物信息学，计算系统生物学"研究领域：
目前主要研究领域为生物医学信息学和计算系统生物学，研究兴趣包括环境与人体微生物组学、基因组复杂结构信息分析、比较基因组学、生物进化以及生物分子动力学等。近年来主持发展的微生物基因组分析与基因预测系列方法达到国际领先水平，并被应用于美国St. Louis华盛顿大学、英国Sanger研究所和法国原子能委员会（CEA Cadarche）等多项国际微生物基因组测序计划。与美国Georgia Institute of Technology生物医学工程系相关实验室保持良好的合作关系。研究结果已在Nucleic Acids Res.、Bioinformatics、BMC Bioinformatics、BMC Genomics等生物信息学领域刊物发表，多篇论文被BioMed Central评为“高访问率论文”（'Highly accessed article' on BioMed Central），并多次被Cell、Nature、Nat. Methods、Nat. Rev. Microbiol.等正面引用或专门报道。"

近期论文

1. Chengwei Luo, Gang-Qing Hu, Huaiqiu Zhu, Genome reannotation of Escherichia coli CFT073 with new insights into virulence, BMC Genomics, 2009, 10: 552.
2.Hong Kang, Xin-Qiu Yao, Zhen-Su She, Huaiqiu Zhu. Water-protein interplay reveals the specificity of alpha-lytic protease. Biochem. Bioph. Res. Co., 2009, 385: 165-169.
3.Gang-Qing Hu, Xiaobin Zheng, Yi-Fan Yang, Philippe Ortet, Zhen-Su She, Huaiqiu Zhu. ProTISA: a comprehensive resource for translation initiation site annotation in prokaryotic genomes. Nucleic Acids Res., 2008, 36: D114-119.
4.Huaiqiu Zhu, Gang-Qing Hu, Yi-Fan Yang, Jin Wang, Zhen-Su She. MED: a new non-supervised gene prediction algorithm for bacterial and archaeal genomes. BMC Bioinformatics, 2007, 8: 97.
5. Huai-Qiu Zhu, Gang-Qing Hu, Zheng-Qing Ouyang, Jin Wang, Zhen-Su She. Accuracy improvement for identifying translation initiation sites in microbial genomes. Bioinformatics, 2004, 20(18): 3308-3317.
兼任中国医药生物技术协会生物医学信息技术分会委员、国际期刊Int. J. Comput. Intelligence in Bioinformatics and Systems Biology (IJCIBSB)副主编、Dataset Papers in Biol.编委、Hans J. Comput. Biol. (HJCB)编委。