吴本泰（1573年—？），字美子，号梅里，又号药师，晚号雨菴，浙江海宁县籍仁和县人。明朝政治人物。

崇祯六年癸酉科举人，七年（1634年）联捷甲戌科进士，九年任顺天府乡试同考官，十年授行人司行人，升吏部主事，改南京礼部员外郎，升吏部郎中。明亡后，隐居不出。顺治四年（1647年）隐居西溪，著有《西溪梵隐志四卷。