1913年毕业于京都帝国大学理科大学物理学科。后任水泽纬度观测所，京都大学理学部副教授等职，1925年成为京大教授。1920年组织了日本历史最悠久的天文同好会。后改名为“东亚天文协会”，现名为“东亚天文学会（日语：東亜天文学会）”（简称OAA）。1928年京大花山天文台（日语：京都大学大学院理学研究科附属花山天文台）设立，山本担任台长。1938年从京大退休，设立私人天文台山本天文台。毕生为天文学的科普工作贡献很大。