斋藤成也（日语：さいとう なるや，1957年1月14日—），日本遗传学家，福井県人。现为国立遗传学研究所教授兼综合研究大学院大学生命科学研究科遗传学专业教授及东京大学大学院理学系研究科生物科学专业教授，并担任日本学术会议会员。斋藤是中立进化论的支持者，主要研究日本列岛人群的起源与分化。