个人简历

2011−至今 清华大学 生命科学学院 研究员，博导 2008−2011 耶鲁大学 生物信息学 博士后 2003−2008 罗切斯特大学 生物物理学 博士 1998−2003 中国科学技术大学 生命科学学院 学士

研究领域

我们实验组的研究涉及生物信息学、系统生物学(基因组学)等领域，生命的信息是怎么样被编码在DNA和RNA的结构和序列中，以及它们是如何调控整个生物系统，是我们主要的研究方向。我们致力于应用已有的分析手段和开发新的算法，去发现和诠释新的非编码RNA基因的结构和功能；运用高通量测序技术在基因组层面上去挖掘关于结构、调控等方面的新知识。最终，我们希望把科研成果运用到人类疾病的研究和治疗。实验室的科研项目主要包括基因组中新型非编码RNA基因的发掘和功能研究、RNA结构预测算法的开发和优化、应用机器学习和数据挖掘等手段分析高通量数据、通过高通量数据研究不同物种中的基因调控网络: 癌症发生发展中表观遗传和非编码基因标识物的发现和机理研究 模式基因组中新型非编码RNA基因的发掘和功能研究 RNA和蛋白质间相互作用中的RNA结构预测和功能研究 生物医学数据的云计算以及数据库开发

近期论文

Tan X, Hu L2, Luquette JL, Gao G, Liu YF2, Qu HJ, Xi RB, Lu ZJ2, Park PJ & Elledge SJ. (2012) Systematic Identification of Synergistic Drug Pairs Targeting HIV. Nature Biotech. (impact factor: 23.3) 30:1125-1130. (2 Lu Lab, School of Life Sciences, Tsinghua University) Lu ZJ*, Yip KY*, Wang G, Shou C, Hillier LW, et al. (2011) Prediction and characterization of noncoding RNAs in C. elegans by integrating conservation, secondary structure, and high-throughput sequencing and array data. Genome Research (impact factor: 13.588) 21: 276-285. (* co-first authors)
 Gerstein MB*#, Lu ZJ*, Van Nostrand EL*, Cheng C*, Arshinoff BI*, et al. (2010) Integrative Analysis of the Caenorhabditis elegans Genome by the modENCODE Project. Science (article, cover story) 330(6012): 1775-1787 (*co-first authors; #corresponding authors). Lu ZJ, Gloor JW, Mathews DH. (2009) Improved RNA secondary structure prediction by maximizing expected pair accuracy. RNA (impact factor: 5.018) 15: 1805-1813. Lu ZJ, Mathews DH. (2008) Efficient siRNA selection using hybridization thermodynamics. Nucleic Acids Research(impact factor:8.026) 36:640-647. Lu ZJ, Mathews DH. (2008) Fundamental differences in the equilibrium considerations for siRNA and antisense oligodeoxynucleotide design. Nucleic Acids Research 36:3738-3745.