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江瑞
2023-05-12 11:38
  • 江瑞
  • 江瑞 - 教授-清华大学-生物信息学教育部重点实验室-个人资料

近期热点

资料介绍

个人简历


教育背景\r
1992年9月-1997年7月 清华大学自动化系自动控制专业学习,获工学学士学位\r
1997年9月-2002年1月 清华大学自动化系检测技术及自动化装置专业学习,获工学博士学位\r
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工作履历\r
2023年-今,清华大学自动化系,长聘教授\r
2007年-2022年,清华大学自动化系,副教授\r
2004年-2007年,美国南加州大学,博士后\r
2002年-2003年,香港科技大学,博士后\r
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学术兼职\r
中国自动化学会,智能健康与生物信息专业委员会,副主任

研究领域


"基因测序数据分析:研究融合多种基因测序数据的深度学习模型,辨识细胞类型、构建细胞通讯网络,识别细胞通讯模式,预测细胞功能,构建人体跨器官细胞图谱,用于心血管疾病精准防控。\r
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基因组深度学习:研究整合基因组序列与生物实验数据的自然语言处理方法,辨识基因调控元件,预测基因调控模式,构建基因调控网络。\r
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医疗知识图谱构建:研究分析医学典籍、电子病历的自然语言处理方法,辨识医学词汇,抽取词汇间关系,构建医疗知识图谱。\r
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医学影像智能分析:研究生物医学影像分析的深度学习方法,提取影像特征,理解影像内涵,建立基于医学影像的辅助诊断模型。"

近期论文


Wanwen Zeng et al, Compressing regulatory networks to vectors for interpreting gene expression and genetic variants, Nature Machine Intelligence, 2021, in press\r
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Qiao Liu et al, Simultaneous deep generative modeling and clustering of single cell genomic data, Nature Machine Intelligence, 2021, in press\r
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Shengquan Chen et al, OpenAnnotate: a web server to annotate the chromatin accessibility of genomic regions, Nucleic Acids Research, 2021, in press\r
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Shengquan Chen et al, DeepCAPE: a deep convolutional neural network for the accurate prediction of enhancers, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2021, in press\r
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Shengquan Chen et al, A reference-guided approach for epigenetic characterization of single cells, Nature Communications, 2021, 12:2177\r
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Qiao Liu et al, Density estimation using deep generative neural networks, Proc Natl Acad Sci USA, 2021, 118(15): e2101344118\r
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Wenran Li et al, A method for scoring the cell-type specific impacts of non-coding variants in personal genomes, Proc Natl Acad Sci USA, 2020, 117 (35): 21364-21372\r
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Wanwen Zeng et al, SilencerDB: a comprehensive database of silencers, Nucleic Acids Research, 2020, 49(D1):D221-D228\r
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Wanwen Zeng et al, DC3: Deconvolution and coupled clustering from bulk and single cell genomics data, Nature Communications, 2019, 10: 4613\r
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Wenran Li et al, DeepTACT: predicting high-resolution chromatin contacts via bootstrapping deep learning, Nucleic Acids Research, 2019, 47(10): e60\r
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Zehua Liu et al, Reconstructing cell cycle pseudo time-series via single-cell transcriptome data, Nature Communications, 2017, 8:22\r
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Zhana Duren et al, Modeling gene regulation from paired expression and chromatin accessibility data, Proc Natl Acad Sci USA, 2017, 114(25): E4914-E4923\r
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Feng Zeng et al, PyroHMMsnp: a SNP caller for Ion Torrent and 454 sequencing data, Nucleic Acids Research, 2013, 41(13):e136\r
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Rui Jiang et al, Sequence-based prioritization of nonsynonymous single-nucleotide polymorphisms for the study of disease mutations, American Journal of Human Genetics, 2007, 81(2):346-360\r
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Rui Jiang et al, Network motif identification in stochastic networks, Proc Natl Acad Sci USA, 2006, 103(25): 9404-9409

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