个人简历

教育背景\r
1992年9月-1997年7月 清华大学自动化系自动控制专业学习，获工学学士学位\r
1997年9月-2002年1月 清华大学自动化系检测技术及自动化装置专业学习，获工学博士学位\r
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工作履历\r
2023年-今，清华大学自动化系，长聘教授\r
2007年-2022年，清华大学自动化系，副教授\r
2004年-2007年，美国南加州大学，博士后\r
2002年-2003年，香港科技大学，博士后\r
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学术兼职\r
中国自动化学会，智能健康与生物信息专业委员会，副主任

研究领域

"基因测序数据分析：研究融合多种基因测序数据的深度学习模型，辨识细胞类型、构建细胞通讯网络，识别细胞通讯模式，预测细胞功能，构建人体跨器官细胞图谱，用于心血管疾病精准防控。\r
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基因组深度学习：研究整合基因组序列与生物实验数据的自然语言处理方法，辨识基因调控元件，预测基因调控模式，构建基因调控网络。\r
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医疗知识图谱构建：研究分析医学典籍、电子病历的自然语言处理方法，辨识医学词汇，抽取词汇间关系，构建医疗知识图谱。\r
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医学影像智能分析：研究生物医学影像分析的深度学习方法，提取影像特征，理解影像内涵，建立基于医学影像的辅助诊断模型。"

近期论文

Wanwen Zeng et al, Compressing regulatory networks to vectors for interpreting gene expression and genetic variants, Nature Machine Intelligence, 2021, in press\r
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Qiao Liu et al, Simultaneous deep generative modeling and clustering of single cell genomic data, Nature Machine Intelligence, 2021, in press\r
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Shengquan Chen et al, OpenAnnotate: a web server to annotate the chromatin accessibility of genomic regions, Nucleic Acids Research, 2021, in press\r
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Shengquan Chen et al, DeepCAPE: a deep convolutional neural network for the accurate prediction of enhancers, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2021, in press\r
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Shengquan Chen et al, A reference-guided approach for epigenetic characterization of single cells, Nature Communications, 2021, 12:2177\r
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Qiao Liu et al, Density estimation using deep generative neural networks, Proc Natl Acad Sci USA, 2021, 118(15): e2101344118\r
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Wenran Li et al, A method for scoring the cell-type specific impacts of non-coding variants in personal genomes, Proc Natl Acad Sci USA, 2020, 117 (35): 21364-21372\r
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Wanwen Zeng et al, SilencerDB: a comprehensive database of silencers, Nucleic Acids Research, 2020, 49(D1):D221-D228\r
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Wanwen Zeng et al, DC3: Deconvolution and coupled clustering from bulk and single cell genomics data, Nature Communications, 2019, 10: 4613\r
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Wenran Li et al, DeepTACT: predicting high-resolution chromatin contacts via bootstrapping deep learning, Nucleic Acids Research, 2019, 47(10): e60\r
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Zehua Liu et al, Reconstructing cell cycle pseudo time-series via single-cell transcriptome data, Nature Communications, 2017, 8:22\r
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Zhana Duren et al, Modeling gene regulation from paired expression and chromatin accessibility data, Proc Natl Acad Sci USA, 2017, 114(25): E4914-E4923\r
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Feng Zeng et al, PyroHMMsnp: a SNP caller for Ion Torrent and 454 sequencing data, Nucleic Acids Research, 2013, 41(13):e136\r
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Rui Jiang et al, Sequence-based prioritization of nonsynonymous single-nucleotide polymorphisms for the study of disease mutations, American Journal of Human Genetics, 2007, 81(2):346-360\r
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Rui Jiang et al, Network motif identification in stochastic networks, Proc Natl Acad Sci USA, 2006, 103(25): 9404-9409